Pada 31 Julai 2006, Castro menugaskan adiknya Raúl Castro sebagai Presiden Majlis Negara, Presiden Jemaah Menteri, Setiausaha Pertama Parti Komunis Cuba dan jawatan panglima besar angkatan tentera. Pemangkuan sementara ini dilakukan sementara Fidel pulih daripada pembedahan akibat "masalah usus akut dengan pendarahan berterusan".[5]

Pada 19 Februari 2008, Fidel Castro mengumumkan meletak jawatan sebagai Presiden Cuba dan Panglima Angkatan Bersenjata Cuba.[6] Dewan Perhimpunan Kebangsaan Cuba (Parlimen) setuju melantik adiknya Raúl Castro yang 5 tahun lebih muda menggantikan beliau secara tetap.[4]

Pada 19 April 2011, Castro meletak jawatan daripada Jawatankuasa Pusat Parti Komunis Cuba,[7] dan dengan itu turun sebagai pemimpin parti tersebut. Raúl Castro dipilih menggantikan beliau.[8]